『琉球新報』2010年3月3日付 沖縄科学技術大学院大学 大学院大学、専任事務局長を配置　組織変更対策で見解 【東京】内閣府独立行政法人評価委員会の第１６回沖縄科学技術研究基盤整備機構分科会が２日、内閣府であった。大学院大学の第１研究棟と管理棟の施設整備費が当初予算額１３８億円から４０億円超過していた問題で、委員会は事務事項を総括的に担当する専任の事務局長を配置するなど抜本的な組織構造の変更などの対策を取ることや、２０１２年度開学に向け着実に施設整備を行うことを求める見解をまとめた。 ２日、前原誠司沖縄担当相に提案した。前原沖縄相は「沖縄振興策の柱の一つとなる重要なプロジェクトだ。内閣府としても機構が適切な管理運営体制を構築するよう、厳格なフォローアップをしたい」などとコメントした。 機構の報告によると、施設整備に関し業者との契約締結後、主任研究者からの要望で大幅に設計を変更したことで予算が超過した。委員会の見解によると理事が事務局長を兼任していたため、「研究」と「事務」の両部門の連携がうまくいかなかったことなどが要因とした。 さらに機構は職員１人を「懲戒の対象となる行為が認められた」として、２日までに処分したことを報告した。０９年７月１日、参院沖縄北方特別委員会で委員から「（ある職員が）複数の職員に対し、解雇する、と言動した。人事担当者は解雇された。パワーハラスメントがあるという話もある」との指摘を受け外部機関が調査していた。機構は指摘の事実の存否や「懲戒の対象となる行為」の詳細、処分内容は明らかにしていない。